El Modelo Pedagógico de la RUEI  caracteriza el proceso educativo a través de la definición de las denominadas Líneas Educativas Básicas (LEB) que se constituyen en principios educativos que evidencian el modo de proceder en la enseñanza-aprendizaje.

1. Aprendizaje globalizador y profundo que permita el pensamiento eficaz y holístico para la comprensión y transformación de la realidad (local/global). 

2. Evaluación auténtica para mejorar y avanzar en el aprendizaje y formación de la comunidad educativa.

3. Estudiante como centro y constructor de su aprendizaje y autonomía.

4. Docente activador del aprendizaje. Diseña y acompaña integralmente experiencias contextualizadas de aprendizaje personalizado y ubicuo que propician la comprensión, la cooperación y la apertura al cambio.

5. Familias comprometidas con la transformación educativa e implicadas activamente en el proceso formativo de sus hijos.

6. Cultura institucional crítica, reflexiva y colaborativa basada en la espiritualidad ignaciana que procura un sentido más justo y unificado de la vida.

7. Espacios y tiempos de aprendizaje según las necesidades formativas de los estudiantes:

- Espacios físicos, digitales, culturales y familiares.

- Abiertos, flexibles, polivalentes y ágiles, con múltiples recursos para la conformación de entornos personales de aprendizaje.

El diseño de experiencias de aprendizaje inicia a partir de los impactos del Modelo de persona que deseamos formar, a través de Líneas Educativas Básicas (LEB) definidas por los centros escolares, junto con Tipologías de Experiencias de Aprendizaje (TEA), Opciones Metodológicas (OM) y Opciones de Contenido (OC), -organización de experiencias para el aprendizaje de los estudiantes, metodologías de enseñanza-aprendizaje y contenidos curriculares-, que lo favorezcan.

Las Opciones Metodológicas (OM)  consensuadas por los equipos académicos de la RUEI son las siguientes:

1. Aprendizaje Cooperativo. 

2. Espacios de aprendizaje. 

3. Co-docencia y práctica reflexiva. 

4. Aprendizaje Servicio (ApS). 

5. Acompañamiento integral ignaciano. 

6. Evaluación auténtica. 

7. Tiempos de interiorización. 

8. Inteligencias múltiples.

9. Aprendizaje por proyectos. 

10. Centros de aprendizaje. 

11. Inter y transdisciplinariedad.

12. Cultura del pensamiento.

13. Organización del tiempo. 

14. Atención a la diversidad.